Durant près de trois heures, dans le nord du pays, l'ensemble des liaisons à grande vitesse et régionales, ainsi que les transports de marchandises, ont été interrompus.
Après le rétablissement partiel du trafic, la compagnie Deutsche Bahn a affirmé qu'un "sabotage" était à l'origine de la panne.
Ce sabotage a visé des "câbles indispensables à la circulation des trains", a précisé à l'AFP la compagnie allemande.
"Des câbles indispensables à l'exploitation ont été volontairement et intentionnellement sectionnés", a confirmé le ministre des Transports, Volker Wissing, dans une déclaration à la presse.
"Il est clair qu'il s'agit d'une action ciblée et délibérée", a-t-il ajouté, précisant que le mobile n'était pas "encore connu".
La police fédérale a été chargée de l'enquête.
Il s'agirait plus précisément du réseau radio GSM-R des trains servant à la communication avec les conducteurs mais aussi, plus globalement, d'"interface centrale entre les trains et l'infrastructure" de contrôle, selon le Spiegel, le premier média à évoquer, en citant des sources sécuritaires, des soupçons de sabotage.
Voyageurs bloqués
"Nous savons à présent que les câbles ont été sectionnés intentionnellement à deux endroits", a précisé M. Wissing, évoquant un "acte clairement prémédité".
Des "câbles en fibre optique" auraient ainsi été découpés à Berlin et en Rhénanie-du-Nord-Westphalie (ouest), la région la plus peuplée d'Allemagne, précise pour sa part le quotidien populaire Bild.
Une telle action ne serait pas à la portée du premier venu et nécessiterait "certaines connaissances" du système ferroviaire, soulignent des sources proches de la Deutsche Bahn auprès de Bild.
L'incident a notamment entraîné une interruption des liaisons entre Berlin et certaines régions de l'ouest et du nord du pays comme le Schleswig-Holstein, les villes de Hambourg et Brême ou encore la Basse-Saxe et une partie de la Rhénanie du nord-Westphalie.
La liaison Berlin-Amsterdam avait aussi été suspendue.
Des milliers de voyageurs sont ainsi restés bloqués dans les gares samedi matin.
Des annulations et des retards étaient encore à prévoir samedi dans la journée malgré le rétablissement des liaisons ferroviaires, a prévenu la Deutsche Bahn.
Surveillance renforcée
Cet acte intervient un peu plus de deux semaines après des actions de sabotage visant les gazoducs Nord Stream 1 et 2 reliant la Russie à l'Allemagne.
Le gouvernement allemand avait dans la foulée renforcé la protection de ses infrastructures critiques.
La compagnie Deutsche Bahn est elle régulièrement épinglée pour les nombreux retards sur ses lignes. Elle avait ainsi annoncé début septembre devoir mener des travaux titanesques avec notamment le remplacement de 137'000 traverses en béton, pour remettre à niveau ses voies.
Le déraillement d'un train dans les Alpes bavaroises début juin, qui avait causé la mort de cinq personnes et fait plus de 40 blessés, avait apporté une illustration tragique du mauvais état des lignes allemandes, lié à des années de sous-investissements.
Ces défaillances tombent d'autant plus mal que le gouvernement incite ces derniers mois les Allemands, grands adeptes de la voiture, à prendre le train en proposant notamment, avec les régions, des billets à bas prix.