Le Parlement avait demandé de compenser les pertes subies entre 2020 et 2022 afin d'alléger la dette de la compagnie, aujourd'hui d'environ 11 milliards. Le Conseil fédéral avait proposé 1,15 milliard de francs, un montant négocié entre l'administration fédérale et les CFF.
Mais le Conseil des Etats a jugé que l'entreprise a retrouvé les bénéfices plus vite que prévu, alors que la situation de la Confédération s'est détériorée. Les sénateurs ont donc proposé un apport unique en capital de 850 millions, solution à laquelle se sont finalement ralliés tacitement les députés.
Malgré l'opposition de la gauche et des Vert'libéraux, ils ont aussi rejoint les sénateurs sur un autre point d'achoppement portant sur les conditions relatives au financement des investissements. Les CFF pourront obtenir des prêts auprès de la Confédération pour les investissements réalisés en dehors du domaine indemnisé du secteur de l’infrastructure, mais au-delà d'une certaine limite, ceux-ci seront soumis à l'Assemblée fédérale et au frein à l'endettement.
Le National a longtemps refusé cette proposition, craignant que le changement de système ne mette le financement des CFF en concurrence avec d'autres dépenses de la Confédération.